Rémy Pflimlin travaille d'abord pour l'hebdomadaire Jours de France, puis pour les Dernières nouvelles d'Alsace avant d'occuper différents postes de direction à la Société alsacienne de publications, qui publie le quotidien régional L'Alsace. Nommé PDG de L'Alsace, il devient également vice-président du Syndicat de la presse quotidienne régionale de 1997 à 1999[9], chargé de la commission "Publicité".
De 1999 à 2005, il est directeur général de France 3. Ses principaux faits d'armes à la tête de France 3 sont l'arrivée de Marc Olivier Fogiel sur la chaîne, la mise à l'antenne de C'est mon choix et le maintien, malgré la forte opposition, du feuilleton quotidien Plus belle la vie.